Наибольшего расцвета Холмогоры достигли в XVII веке при архиепископе Афанасии. Под его руководством были возведены величественный кафедральный Спасо-Преображенский собор с колокольней и архиерейские палаты, приходская церковь в близлежащем селе Матигоры, которая и сейчас является действующей, а множество традиционных деревянных храмов заменены каменными, развивалась русская иконопись. Архиепископ Афанасий был очень образованным человеком. Он собрал богатую библиотеку, а в колокольне была оборудована обсерватория. В гостях у архиепископа Афанасия не раз бывал Петр I.