Он был построен на том месте где была бывшая часовня вестготов Санта Евлалия, останки которой, в виде купели и склепа, были найдены при строительстве и сохранены внутри монастыря. Когда Фернандо III завоевал Кордову в 1236 году, король отдал это место ордену Милосердия для основания монастыря. По преданию, основателем был святой Петр Ноласко. Дважды монастырь видоизменялся из-за проведенных реформ. В начале восемнадцатого века была проведена реконструкция с участием архитектора Франсиско Уртадо Искьердо во время которой была построен малый двор монастыря . Его назвали Белый двор. Следующая реконструкция монастыря происходила под руководством Алонсо Гомес де Сандоваль, Франсиско Агилар-дель-Рио и Джерома Томаса Педрахас. В этот период между 1716 и 1760 годами к церкви были пристроены парадная лестница и главный двор.
В 1810 году, после французского нашествия в городе Кордова монастырь переоборудовали в больницу и там был открыт лазарет. Два года спустя, в 1812 году, французское войско покинуло город и в 1813 году монахи снова вернулись в свой монастырь . После упразднения религиозных орден в 1836 году монастырь стал местной благотворительной организацией открыв приют и две школы для детей. Одним из самых известных гостей монастыря был Христофор Колумб, в котором он ожидал аудиенцию с католическими монархами.
С 1967 года и по настоящее время здесь находится правительство провинции Кордова. 9 сентября 2008 года здание бывшего монастыря объявлено памятником культуры местного значения.