Первыми похороненными в склепе были основательница Капуцинеркирхе императрица Анна и её муж император Матвей. Они умерли соответственно в 1618 и 1619 году, а после завершения строительства и освящения церкви в 1633 году их саркофаги были перенесены в «Склеп основателей». Сердца Габсбургов было принято размещать в серебряных урнах отдельно, в Склепе сердец при Августинской церкви, а их внутренности хоронили в медных урнах в Герцогском склепе под собором Святого Стефана