В 1540 г. из Псково-Печерского монастыря в г. Печоры в приезжий двор была перенесена деревянная церковь Сорока мучеников. Известно, что к концу XVIII века эта церковь сильно обветшала и в 1778 г. было принято решение начать на том месте строительство новой каменной церкви во имя сорока мучеников. В 1817 г. строительство новой церкви было окончено, но без колокольни. Колокольня была построена в 1860 г. Церковь Сорока мучеников расположена к юго-западу от Печорской крепости, на небольшой площади, образовавшейся у главного входа в крепость.