Открытая в 1723 г. Преосвященным Варнавой, ставшим архиепископом после Афанасия Холмогорского, школа, названная Славянской, была размещена в одной из келий архиерейского дома. В славяно-латинской Холмогорской школе кроме грамоты и письма преподавались славянская грамматика, церковный устав, латинский язык и церковное пение.
1 сентября 1977 года распахнуло двери современное здание школы на улице Октябрьской.