Исследователи расходятся во мнениях в определении точной даты основания собора (от конца XV до середины XVI вв.).
После взятия Нарвы и Ивангорода русскими войсками в 1704 году лютеранскую церковь закрыли. В 1740-х годах этот храм восстановили для православного богослужения.
В 1944 году, во время военных действий под Нарвой, храм сильно пострадал.
С 1987 по 1988 год церковь использовалась как концертный зал.
В 1991 году передана Русской Православной Церкви.
В 2010 году в церкви устроен придел в честь новомученика Александра Волкова.