Удобнее считаю самолетом , в Праге была как минимум раз 20) очень удобно взять там машину на прокат дня на 3, вполне достаточно что б доехать до Баварии, Дрездена или Вены и т.д. А вот по Праге надо гулять пешком и конечно заходя в разные кафешки и пивоварни а иначе не поймете весь вкус Чехии)