В 1995 году, через пять лет после гибели протоиерея Александра Меня на месте его убиения была построена часовня. В 1998 году к часовне были пристроены алтарь и притвор, а 25 мая 1999 года по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия храм-часовня был освящен в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи. Именно в этот день 11 сентября 1990 года хоронили отца Александра.
Часовня была сооружена по проекту главного архитектора Сергиево-Посадского района Виктора Журавлева. В сентябре 1998 года Фондом протоиерея Александра Меня храм был торжественно передан в дар Московской Епархии Русской Православной Церкви.