Первые упоминания об этой породе крупного рогатого скота относятся к XVI веку. В грамотах и актах Двинского уезда говорится о местных коровах с окраской «беломши-черна», «черемна», «на ребре пестра»… Появились они на территории современных Холмогорского и Архангельского районов Архангельской области. Животные размножались природным путем и выращивались на заливных лугах в низовьях Северной Двины. Молоко отличалось уникальными вкусовыми качествами. В 1693 году холмогорские граждане одарили молодого царя Петра I двумя породистыми бычками. Подарку царь был удивлен, но с этого времени холмогорский скот начинает поставляться на царские фермы и фермы знатных семей. С 1693 по 1728 годы из Голландии в Архангельскую область были завезены племенные бычки и коровы Голштинской породы для скрещивания с целью увеличения надоев. Но только в 1937 году холмогорская порода была официально зарегистрирована.