Доехать до Костёла Яна Непомуцкого, можно двумя известными мне способами, 1) железной дорогой из Праги до Ческе Будеевице, а оттуда автобусом нужно доехать до остановки "Под Костелом" (в будни ходят 2 автобуса в час,в выходные реже ).
2)Или же с пересадкой в Ческе Будеевице, доехать на поезде до остановки "Hluboká n.Vlt. Zámostí", но топать пешочком придётся поболее чем вы скорее всего привыкли.