В интерьере церкви доминирует великолепный мраморный главный алтарь. У главного алтаря есть вход в Влашскую часовню Девы Марии. Кроме центрального, в костеле есть еще шесть алтарей. Центром алтарной композиции служит копия картины «Преображение Господне» Рафаэля, выполненная Я. Хёрингом. Декор дополняют скульптуры, позолоченные резные украшения, живописные работы Игнаца Рабба. Под церковью существует склеп, где похоронены видные деятели иезуитского ордена. В 2009–11 гг. проводилась полная реконструкция и реставрация храмового органа, созданного в 1619 году.